Tổ chức Tương Lai

Sau trò chơi giết người diễn ra ở Hope's Peak, bạn và những người sống sót còn lại đã gia nhập Tổ chức Tương Lai để gieo hy vọng khắp thế giới. Makoto Naegi bị buộc tội phản quốc vì che chở cho những tàn dư của tuyệt vọng, nên bạn cùng Kyoko và Aoi đi theo anh ấy đến trụ sở để hỗ trợ. Tuy nhiên, ngay sau khi đến nơi, một loại khí gây ngủ lan ra khắp trụ sở. Bạn tỉnh dậy trong một căn phòng cùng với 15 người khác.