Пятнадцать лет назад на пустынном участке Тихого океана круизное судно столкнулось с айсбергом и потеряло себя в море.Более десяти лет спустя, Хидето Яширо-Судовой инженер-погиб в автокатастрофе со смертельным исходом. Невероятная связь между этими событиями выявляется только на роскошном лайнере St.Афродита во время своего первого путешествия. На борту его на столь необходимый отпуск, Kogorou Mouri, его дочь Ран, Конан Эдогава, и детектив мальчиков наслаждаться поездкой, предоставленной семьей Соноко Судзуки.Но их веселье вскоре прерывается, когда игра в прятки приводит к исчезновению Соноко. Некоторое время спустя Генеральный директор Группы Яширо, который построил St.Афродита, найдена зарезанной, а ее отец пропал без вести. В то время как расследование полиции заходит в тупик, Конан замыкается на виновника.Не желая быть задержанным, преступник угрожает взорвать святую Афродиту и потопить всех ее пассажиров.Поскольку корпус корабля быстро наполняется водой, правда, стоящая за мстительными убийствами, наконец, раскрывается.Не имея места, чтобы убежать, Конан и Когороу должны бороться с неуловимым преступником, прежде чем всех на борту вытащат на дно океана.