Quinze anos atrás, em um trecho árido do Pacífico, um navio de cruzeiro colidiu com um iceberg e se perdeu no mar.Mais de uma década depois, Hidito Yashiro-um engenheiro naval-morreu em um acidente de carro fatal. A conexão improvável entre esses eventos só vem à luz no forro de luxo St.Afrodite durante sua viagem inaugural. A bordo dele em umas férias muito necessárias, Kogorou Mouri, sua filha Ran, Conan Edogawa e os Detective Boys desfrutam de uma viagem fornecida pela família de Sonoko Suzuki.Mas sua diversão é logo interrompida quando um jogo de esconde-esconde leva ao desaparecimento de Sonoko. Algum tempo depois, o CEO do grupo Yashiro, que construiu o St.Afrodite, é encontrada esfaqueada até a morte e seu pai desaparecido. Enquanto a investigação da polícia se transforma em um beco sem saída, Conan se aproxima do culpado.Recusando-se a ser preso, o culpado ameaça explodir a Santa Afrodite e afundar todos os seus passageiros.À medida que o casco do navio se enche rapidamente de água, a verdade por trás dos assassinatos vingativos é finalmente revelada.Sem nenhum lugar para escapar, Conan e Kogorou devem lutar com o indescritível culpado antes que todos a bordo sejam arrastados para o fundo do oceano.