Future Foundation

Pagkaraan ng killing game na naganap sa Hope's Peak, sumali ka at ang iba pang nakaligtas sa Future Foundation para ikalat ang pag-asa sa buong mundo. Inakusahan si Makoto Naegi ng pagtataksil dahil sa pagprotekta sa mga natirang bahagi ng despair, kaya sumama kayo nina Kyoko at Aoi sa kanya papuntang HQ upang tulungan siya. Gayunpaman, saglit matapos makarating, kumalat ang isang sleeping gas sa buong HQ. Nagising ka sa isang silid kasama ang 15 pang tao.