Labinlimang taon na ang nakalilipas sa isang mabangis na kahabaan ng Pasipiko, isang barko ng cruise bumagsak sa isang iceberg at nawala sa dagat.Higit sa isang dekada mamaya, namatay si Hideto Yashiro-isang engineer ng barko sa isang nakamamatay na aksidente sa kotse. Ang hindi malamang na koneksyon sa pagitan ng mga kaganapan na ito ay lumiwanag lamang sa luxury liner St.Aphrodite sa panahon ng kanyang dalaga na paglalayag. Aboard ito sa isang mahalagang bakasyon, Kogorou Mouri, ang kanyang anak na babae Ran, Conan Edogawa, at ang mga Detective Boys ay nagtatamasa ng paglalakbay na ibinigay ng pamilya ni Sonoko Suzuki.Ngunit ang kanilang kaligayahan ay madaling pinutol kapag ang isang laro ng pagtatago-and-seek ay humantong sa pagkawala ni Sonoko. Ilang oras mamaya, ang CEO ng grupo ng Yashiro, na binuo ang St.Aphrodite, ay nahanap na stabbed to kamatayan at ang kanyang ama nawawala. Habang ang imbestigasyon ng pulis ay lumiliko sa isang patay na dulo, isinara ni Conan sa salarin.Hindi nais na makuha, nagbabanta ang salamin na bumabagsak sa St. Aphrodite at bumaba ang lahat ng kanyang mga pasahero.Bilang hull ng barko mabilis na puno ng tubig, ang katotohanan sa likod ng mga paghihiganti na pagpatay ay sa wakas ipinakita.Na walang lugar upang makatakas, Si Conan at Kogorou ay kailangang pakikipaglaban sa mga hindi maliit na pagkakasala bago ang lahat sa board ay dragged sa sahig ng karagatan.