Lima belas tahun yang lalu dalam regangan tandus pasifik, sebuah kapal persiaran berlanggar dengan gunung yang kecil dan telah hilang di laut.Lebih daripada satu dekad kemudian, Hideto Yashiro-jurutera kapal-meninggal dunia dalam kemalangan kereta maut. Sambungan yang tidak mungkin antara peristiwa-peristiwa ini hanya datang kepada cahaya di St. liner mewahAphrodite semasa pelayaran sulung beliau. Kapal itu bercuti amat diperlukan, Kogorou Mouri, perempuannya berlari, Conan Edogawa dan budak-budak detektif menikmati perjalanan yang disediakan oleh keluarga Sonoko Suzuki.Tetapi keseronokan mereka tidak lama lagi dipotong pendek apabila permainan sembunyi dan mencari membawa kepada kehilangan Sonoko. Beberapa waktu kemudian, ketua pegawai eksekutif kumpulan Yashiro, yang membina St.Aphrodite, didapati ditikam mati dan bapanya hilang. Manakala siasatan polis bertukar ke akhir mati, Conan ditutup pada punca.Tidak sanggup untuk diberkas, punca mengancam untuk meletupkan Aphrodite St. dan tenggelam semua penumpang beliau.Kerana badan kapal cepat mengisi dengan air, kebenaran di sebalik pembunuhan dendam akhirnya diturunkan.Dengan tiada tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou mesti wrestle dengan punca sukar difahami sebelum semua orang atas kapal diheret ke aras laut.