15年前、太平洋の不毛の地域で、クルーズ船が氷山と衝突し、海で失われました。10年以上後、船技師の八代秀人が致命的な自動車事故で亡くなりました。これらのイベント間のありそうもない関係は、豪華客船セントでのみ明らかになります。処女航海中のアフロディーテ。待望の休暇に乗って、ムーリ高五郎、娘のラン、江戸川コナン、そして探偵の少年たちは、鈴木ソノコの家族が提供する旅行を楽しんでいます。しかし、かくれんぼのゲームがソノコの失踪につながると、彼らの楽しみはすぐに短くなります。しばらくして、聖を建てた八代グループのCEO。アフロディーテは刺されて死に、父親が行方不明になっているのが発見されました。警察の捜査が行き止まりになる間、コナンは犯人に近づきます。逮捕されることを望まず、犯人は聖アフロディーテを爆破し、すべての乗客を沈めると脅迫します。船体が急速に水で満たされると、復讐に満ちた殺人の背後にある真実がついに明らかになります。逃げる場所がないので、コナンとコゴロウは、乗船している全員が海底に引きずり込まれる前に、とらえどころのない犯人と格闘しなければなりません。