Quindici anni fa in un tratto arido del Pacifico, una nave da crociera entrò in collisione con un iceberg e si perse in mare.Più di un decennio dopo, Hideto Yashiro-un ingegnere navale-morì in un incidente stradale mortale. L'improbabile connessione tra questi eventi viene alla luce solo sulla nave di lusso St.Afrodite durante il suo viaggio inaugurale. A bordo di una vacanza tanto necessaria, Kogorou Mouri, sua figlia Ran, Conan Edogawa e i Detective Boys si godono un viaggio fornito dalla famiglia di Sonoko Suzuki.Ma il loro divertimento viene presto interrotto quando un gioco a nascondino porta alla scomparsa di Sonoko. Qualche tempo dopo, il CEO del gruppo Yashiro, che ha costruito il St.Afrodite, viene trovata pugnalata a morte e suo padre scomparso. Mentre le indagini della polizia si trasformano in un vicolo cieco, Conan si avvicina al colpevole.Non volendo essere arrestato, il colpevole minaccia di far saltare in aria la Sant'Afrodite e affondare tutti i suoi passeggeri.Mentre lo scafo della nave si riempie rapidamente d'acqua, la verità dietro gli omicidi vendicativi viene finalmente rivelata.Senza un posto dove scappare, Conan e Kogorou devono lottare con l'inafferrabile colpevole prima che tutti a bordo vengano trascinati sul fondo dell'oceano.