Il y a quinze ans, dans une étendue aride du Pacifique, un navire de croisière a heurté un iceberg et a été perdu en mer.Plus d'une décennie plus tard, Hideto Yashiro-un ingénieur de navire-est mort dans un accident de voiture mortel. Le lien improbable entre ces événements ne se fait jour que sur le paquebot de luxe St.Aphrodite au cours de son voyage inaugural. À bord, Kogorou Mouri, sa fille Ran, Conan Edogawa et les Detective Boys profitent d'un voyage offert par la famille de Sonoko Suzuki.Mais leur plaisir est bientôt coupé court quand un jeu de cache-cache conduit à la disparition de Sonoko. Quelque temps plus tard, le PDG du groupe Yashiro, qui a construit le St.Aphrodite, est retrouvée poignardée à mort et son père disparu. Alors que l'enquête de la police tourne à une impasse, Conan se rapproche du coupable.Peu disposé à être appréhendé, le coupable menace de faire sauter le St. Aphrodite et de couler tous ses passagers.Alors que la coque du navire se remplit rapidement d'eau, la vérité derrière les meurtres vengeurs est enfin révélée.N'ayant aucun endroit où s'échapper, Conan et Kogorou doivent lutter avec l'insaisissable coupable avant que tout le monde à bord ne soit traîné au fond de l'océan.