Hace quince años, en un tramo árido del Pacífico, un crucero chocó con un iceberg y se perdió en el mar.Más de una década después, Hideto Yashiro, un ingeniero de barcos, murió en un accidente automovilístico fatal. La improbable conexión entre estos eventos solo sale a la luz en el lujoso crucero St.A bordo en unas vacaciones muy necesarias, Kogorou Mouri, su hija Ran, Conan Edogawa y los Detective Boys disfrutan de un viaje proporcionado por la familia de Sonoko Suzuki.Pero su diversión pronto se ve acortada cuando un juego de escondite conduce a la desaparición de Sonoko. Algún tiempo después, el CEO del grupo Yashiro, que construyó el St.Afrodita, es encontrada apuñalada hasta la muerte y su padre desaparecido. Mientras que la investigación de la policía se convierte en un callejón sin salida, Conan se acerca al culpable.No dispuesto a ser detenido, el culpable amenaza con volar el St. Aphrodite y hundir a todos sus pasajeros.A medida que el casco del barco se llena rápidamente de agua, la verdad detrás de los asesinatos vengadores finalmente se revela.Sin lugar para escapar, Conan y Kogorou deben luchar con el elusivo culpable antes de que todos a bordo sean arrastrados al fondo del océano.