Vor fünfzehn Jahren kollidierte in einem kargen Abschnitt des Pazifiks ein Kreuzfahrt schiff mit einem Eisberg und ging auf See verloren.Mehr als ein Jahrzehnt später starb Hideto Yashiro-ein Schiffs ingenieur-bei einem tödlichen Autounfall. Der unwahr schein liche Zusammenhang dieser Ereignisse kommt erst auf dem Luxusliner St. ans Licht.Aphrodite während ihrer Jungfernfahrt. An Bord eines dringend benötigten Urlaubs genießen Kogorou Mouri, seine Tochter Ran, Conan Edogawa und die Detective Boys eine Reise, die von Sonokos Familie angeboten wird.Aber ihr Spaß wird bald abgebrochen, wenn ein Verstecks piel zu Sonokos Verschwinden führt. Einige Zeit später wurde der CEO der Yashiro-Gruppe, der die St.Aphrodite wird erstochen auf gefunden und ihr Vater wird vermisst. Während die Ermittlungen der Polizei zu einer Sackgasse werden, nähert sich Conan dem Täter.Der Täter will nicht festgenommen werden und droht, die St. Aphrodite in die Luft zu jagen und alle ihre Passagiere zu versenken.Während sich der Schiffsrumpf schnell mit Wasser füllt, wird die Wahrheit hinter den rachsüchtigen Morden endlich enthüllt.Conan und Kogorou müssen sich mit dem schwer fassbaren Täter auseinander setzen, bevor alle an Bord auf den Meeresboden gezogen werden.